Разработана «Концепция устойчивого развития АПК в СКФО на период до 2020 г.», учитывающая программы развития субъектов округа с обоснованной специализацией, отвечающей специфике природно-климатических, экономических особенностей и национальных традиций. Разработано 4 системы ведения сельского хозяйства, в том числе «сухого земледелия», удостоенной премии Совета Министерства СССР. В 2013 г. создана Система земледелия нового поколения Ставропольского края, внедрение которой будет способствовать увеличению производства растениеводческой продукции на 1,8 млн.т. условного зерна.
Ведутся работы по разработке методологии и основ создания систем земледелия и агротехнологий нового поколения в условиях меняющегося климата с использованием ГИС-технологий и данных ДЗЗ. Создана Информационно-аналитическая система «Агроклиматический потенциал Ставропольского края», позволяющая прогнозировать величину урожая. Совместно с ИКИ РАН проводятся исследования в области применения космических технологий в АПК с использованием ГИС-технологий.
Сформирован уникальный коллекционный генофонд, создано около 300 сортов зерновых, кормовых, лекарственных, пряно-ароматических, плодово-ягодных, овощных, цветочно-декоративных и древесных культур. В Государственном реестре селекционных достижений, разрешенных к использованию в РФ, находится свыше 130 сортов и гибридов, проходят испытание около 40 сортов. Создано около 60 базовых семеноводческих хозяйств, расположенных во всех регионах Северо-Кавказского и Южного федеральных округов, а также Воронежской, Липецкой, Тамбовской, Белгородской, Волгоградской, Самарской, Пензенской, Саратовской, Оренбургской областях, Республиках Татарстан и Крым, где возделываются сорта созданные учеными Центра. В настоящее время в Ставропольском крае каждый 3-ий гектар озимой пшеницы и озимого ячменя и каждый 2-ой гектар ярового ячменя засевается сортами селекции ФГБНУ «Северо-Кавказский ФНАЦ».
В области биотехнологии проводятся исследования не только по созданию новых сортов озимой пшеницы, но и получению оздоровленного посадочного материала картофеля, винограда и яблони, что будет способствовать развитию отраслей картофелеводства, виноградарства и садоводства в СКФО. Разработана технология создания высокопродуктивных многокомпонентных сенокосно-пастбищных травостоев неограниченного долголетия на основе обогащения агростепи сортовыми травами, адаптированными к местным природно-климатическим условиям. Начаты комплексные исследования по изучению эффективности No-Till в различных почвенно-климатических зонах Ставропольского края.
Разработаны улучшенные ресурсосберегающие технологии в садоводстве по производству плодов семечковых культур в садах короткого цикла, выращиванию разветвленных однолетних саженцев семечковых пород в Ставропольском крае и черешни на семенных подвоях с короновидной кроной в интенсивных садах, получению вегетативно размножаемых подвоев яблони, а также безопорная конструкция современных интенсивных плодовых насаждений яблони.
В области животноводства созданы 4 породы овец, 7 заводских типов овец, 3 заводских типа коз, 1 заводской тип и 6 заводских линий свиней, 1 заводской тип мясного скота. Получено более 60 патентов на изобретения и полезные модели на технологии и технические средства для животноводства и кормопроизводства. Создана уникальная опытно-экспериментальная база (опытная станция), где находится генофондное хозяйство молочных коз зааненской породы, единственный в Европе племрепродуктор по разведению пастушьих собак «келпи», старейший в мире генофондный банк спермы высокопродуктивных баранов и козлов-производителей. Получены патенты на перспективную породу овец «Российский мясной меринос», Алтайскую белую пуховую породу коз, заводской тип герефордского скота «Дмитриевский» и первый в России тип молочных коз «Марийский». Создан центр по сертификации шерсти.
Выведено 16 пород и 30 гибридов тутового шелкопряда, усовершенствованы способы его кормления, разработаны модели фермерского хозяйства по сочетанию шелководства с другими сельскохозяйственными отраслями. Для расширения кормовой базы тутового шелкопряда создано 70 новых сортов шелковицы, получено 5 патентов в области шелководства и 4 свидетельства на сорта шелковицы.
На базе МИП ООО НПО «Облачные информационные системы», учрежденного в рамках ФЗ № 217, при поддержке Фонда содействия инновациям, разработана и внедрена в Ставропольском крае информационно-вычислительная система прослеживаемости перемещения животных (трассировки) , основанная на методах радиочастотной идентификации и свободном программном обеспечении.