20-22 сентября 2021 года сотрудники лаборатории геномной селекции и репродуктивной криобиологии г.н.с. Криворучко А.Ю., н.с.: Яцык О.А. и Каниболоцкая А.А., а также н.с. лаборатории оценки экологического состояния агроценозов Огаджанян А.А. приняли участие в тренинге по работе с приборами OneTouch 2 и Ion GeneStudio S5, организованном компанией Thermo Fisher Scientific на базовой кафедре генетики и селекции ФГАОУ ВО «Северо-Кавказский федеральный университет» и ФГБНУ «Северо–Кавказский ФНАЦ». Тренинг проводила Вероника Винокурова, специалист по секвенированию нового поколения и технической поддержке компании Thermo Fisher Scientific. Программа тренинга была насыщенной и включала два модуля:
- Теоретический: основы технологии полупроводникового секвенирования, обзор этапов лабораторной работы на полупроводниковом секвенаторе Ion GeneStudio™ S5; этапы создания библиотек для секвенирования и методы оценки их качества.
- Практический: подготовка и запуск эмульсионной ПЦР на системе автоматической пробоподготовки Ion OneTouch Instrument™ с контрольной библиотекой; запуск OneTouch ES: обогащение микросфер; загрузка подготовленных микросфер на чип и запуск секвенатора Ion GeneStudio™ S5.
В результате тренинга сотрудники Центра научились не только работать на полупропроводниковом секвинаторе нового поколения, но и проводить пробоподготовку на автоматической системе, включающую темплирование, т.е. наработку требуемого количества ДНК с помощью эмульсионного ПЦР на приборе Ion OneTouch 2 и процесс энричмента, т.е. насыщения сфер короткими участками ДНК с помощью Ion OneTouch ES. Также, участники тренинга научились планировать, мониторить, отслеживать и анализировать запуск секвенатора, обсудили лучшие лабораторные практики. Кроме того, были получены навыки анализа итогов секвенирования с помощью специального программного обеспечения Torrent Suite и Ion Reporte.
По итогам тренинга все участники получили сертификаты.
Система Ion S5 – это простой рабочий процесс и быстрое секвенирование. Эта система позволяет выявлять новые SNP, инсерции и делеции и многое другое. В отличие от других секвенаторов, использующих свет, в технологии полупроводникового секвенирования не применяется сложная оптика или флуоресцентно-меченные нуклеотиды. Системы Ion S5 являются единственными настольными NGS платформами, запуск которых длится всего 2,5 часа, и с помощью которых полный анализ от ДНК до результатов можно завершить за 24 часа.
