На протяжении 90 лет ВНИИОК является флагманом овцеводческой науки в стране. Он создавался как единый научно-методический центр в зоне наиболее развитого тонкорунного овцеводства Советского Союза.
В июне 1932 года Московский учебный институт овцеводства вместе с Европейским НИИО в полном составе переводятся в город Ставрополь. Из Москвы переезжают учёные: А.А. Смирнов, Г.Р. Литовченко, Н.И. Граудынь, Т.Д. Положенцев, М.К. Крымская, Г.А. Окуличев и др.
Были перевезены: богатейшая коллекция чучел овец различных пород, шкур, овчин, собранных Н.Н. Кулешовым и М.Ф. Ивановым, и коллекция образцов шерсти (собранная А.И. Николаевым), ценнейшее лабораторное оборудование.
В 1934 году Постановлением СНК СССР от 16 июля № 1675 институту присваивается статус Всесоюзного НИИ овцеводства и козоводства, его переводят в ведение Главного Управления животноводства Наркомзема СССР и возлагается задача координации научно-исследовательских работ всей опытной сети страны.
К началу Великой Отечественной войны институт представлял уже крупное научное учреждение с хорошо оборудованными лабораториями и квалифицированным научным персоналом.
В 1941 году в крае имелось несколько миллионов голов овец, и он стал крупнейшим поставщиком шерсти и мяса. В результате работы, проведенной учеными института, грубошерстное овцеводство превратилось в высокопродуктивное тонкорунное и полутонкорунное, которое решало задачу сырьевой базы для шерстеперерабатывающей промышленности.
С началом Великой Отечественной войны к институту были предъявлены новые требования. Ускорить рост поголовья овец и коз. Оказать непосредственную помощь фронту и всемерно увеличить производство шерсти, которая использовалась для изготовления обмундирования для армии (шинели, полушубки, валенки и др.), а также мяса, овчин.
Война нарушила работу института, многие сотрудники ушли на фронт, не хватало квалифицированных кадров. С 3 августа 1942 года Ставрополь был временно оккупирован немецкими войсками, а уже в феврале 1943 года освобожден. Временная оккупация города Ставрополя нанесла институту жестокий урон. Научная работа была прервана, оборудование и архив были увезены или уничтожены, в помещениях института разместились штабные учреждения немецких войск. При отступлении фашисты увезли оборудование института, часть сотрудников погибла на фронте.
В этот сложнейший для страны период времени сотрудники института вносили свой значимый вклад, обеспечивая продовольственную безопасность нашей страны!